กะลาสี ล่ามันมาเป็นอาหารอยู่บ่อย ๆ เมื่อครั้งยังไม่สูญพันธุ์บนเกาะมอริเชียสแม้จะมักถูกกล่าวถึงว่า เนื้อโดโด ไม่อร่อย แต่ก็ยังถูกล่ามากมาย เพราะจับง่ายบางครั้งกะลาสีนำกลับมาได้ถึง 50 ตัวในครั้งเดียวถ้ากินไม่หมด ก็ดองและนำกลับไปด้วย

เกาะนี้ถูกค้นพบครั้งแรกโดยชาวโปรตุเกส แต่ชาวดัตช์เป็นผู้ยึดครองอย่างถาวรแท้จริงเชื่อว่า กะลาสีกลุ่มแรกที่มาถึง มอริเชียส เป็นชาวโปรตุเกส นำโดยกัปตัน มาสคาแร็กนาส ใน พ.ศ. 2048-พ.ศ. 2050พวกเขาตั้งใจไปตั้งถิ่นฐานด้วยความหวังในแอฟริกาใต้ แต่ติดพายุทำให้ติดเกาะและลงเอยที่ มอริเชียสคณะเดินทางอื่น ๆ หลังจากโปรตุเกสในปีต่อ ๆ มา มีทั้งดัทช์ บริติช และอื่น ๆ

นกโดโด กะลาสีได้พบขบขัน และเมื่อพวกเขาขาดอาหารประทังชีวิต ก็ได้อาหารชาวดัตช์ ประกาศ มอริเชียส เป็นอาณานิคม เรือนำแมว สุนัข หมู และลิง มาพร้อมกับผู้คนกลุ่มหนึ่งสัตว์ต่างถิ่นแพร่พันธุ์และรุกรานป่าอย่างรวดเร็ว เหยียบย่ำรังนก ทำให้นกเสียขวัญ ล่าทำลายไข่กับลูกอ่อนของโดโด

ทั้งการล่าเป็นอาหารอย่างต่อเนื่องจากมนุษย์ ประกอบกับการแทรกแซงจากสัตว์ต่างถิ่น นำมาสู่การสูญพันธ์ ประมาณ พ.ศ. 2236

เดวิด รอเบิตส์ (David Roberts) แถลงการสูญพันธุ์ของโดโดอย่างเป็นทางการถึง ซึ่งยืนยันการพบเห็นครั้งสุดท้ายเมื่อ พ.ศ. 2205 ที่รายงานโดยกะลาสีเรืออับปาง วอลเกนต์ เอเวอร์ตซ (Volkert Evertsz) ซึ่งตรวจพบต่อมาใน พ.ศ. 2224โรเบิร์ตชี้ว่า จากการที่คำบอกเล่าของอธิการโบสถ์ พ.ศ. 2181-พ.ศ. 2205ดูเหมือนว่ามันจะหาได้ยากแล้วเมื่อ พ.ศ. 2203อย่างไรก็ตาม ทางสถิติวิเคราะห์ จากบันทึกการล่าของ ไอแซค โจน ลาโมเทียสได้คะเนเวลาที่สูญพันธุ์ ใน พ.ศ. 2236 และเชื่อมั่นถึง 95% ว่าเกิดขึ้นในช่วง พ.ศ. 2231-พ.ศ. 2258

ที่แน่ชัดคือ โดโดถูกฆ่ามากภายใน 100 ปีหลังการค้นพบสปีชีส์นี้ ไม่มีตัวอย่างที่สมบูรณ์ถูกรักษาไว้ แม้แต่สักพิพิธภัณฑ์ที่จะเก็บกระดูกมันไว้ไข่โดโดใบหนึ่งถูกจัดแสดงที่ East London museum ในแอฟริกาใต้

หลักฐานทางพันธุกรรมมาจากสิ่งนี้ เมื่อวิเคราะห์ดีเอ็นเอ ยืนยันว่าโดโดเป็นญาติใกล้ชิดกับนกพิราบ ซึ่งมีถิ่นกำเนิดคาบเกี่ยวกัน คือในแอฟริกาถึงเอเชียใต้

ไม่มีใครสนใจอย่างจริงจังในการสูญพันธุ์ของมัน กระทั่งถูกเอาชื่อไปเป็นตัวละครในนิยาย อลิซผจญภัยในแดนมหัศจรรย์ ของ ลูอิส คาร์รอลล์ ทำให้เกิดคำสแลงว่า "ตายอย่างโดโด"

มีความพยายามที่จะนำโดโดกลับมามีชีวิต ถ้าสำเร็จผู้ดำเนินการจะได้ประโยชน์จากการท่องเที่ยวดูนกที่ไม่เหมือนใครทั่วยุโรป แสดงพวกมันในกรงและสาธิตนกกินหินกินเหล็กดังที่ตำนานอ้างไว้